L'epopea missionaria della Compagnia di Gesú fu iniziata il 7 aprile 1541 da san Francesco Saverio: partito da Lisbona con la qualifica di nunzio apostolico, dopo avere circumnavigato l'Africa, raggiunse Goa, in India nel 1542, dopo 13 mesi di navigazione, e per due anni lavoró infaticabilmente per la conversione degli indiani della Pescheria; nel 1544 si spinse nella penisola di Malacca, di lá raggiunse le Molucche (l'attuale Indonesia) e poi nel 1549 approdó nel Giappone, dove rimase oltre due anni. Nel 1552 volle partire per la Cina per aprire al Vangelo l' "impero di mezzo", ma morí il 3 dicembre 1552 alle porte della Cina, nell'isola di Sancian. Con le sue lettere inviate dall'Oriente egli creó tra i giovani gesuiti dell'Europa un incredibile entusiasmo per le missioni in Asia. Per oltre due secoli un gran numero di gesuiti si sparse per tutti i Paesi del continente asiatico: ricordiamo soltanto i nomi di Alessandro Valignano, Roberto de' Nobili, Rodolfo Acquaviva, Matteo Ricci, Alessandro de Rhodes, Adamo Schall, Ferdinando Verbiest, Costanzo Beschi.

Se dall'Asia passiamo all'America, si rileva che lo stesso ardore missionario spinse i gesuiti a evangelizzare quasi tutti i Paesi di quel continente, cominciando dal Brasile col padre Emmanuele Nobrega nel 1549, per giungere nella Florida (1566), passando per il Perú (1568), il Messico (1572), il Tucumán (1586), il Paraguay (1588), il Cile (1592), l'Ecuador (1592). L'opera piú nota dei gesuiti nell'America Latina fu la costituzione delle "Riduzioni" (Reducciones), le quali consistevano nel raccogliere gli indigeni, in particolare i guaranì (abitanti nelle foreste come nomadi) in villaggi nei quali i gesuiti insegnavano loro sia le veritá della fede cristiana, sia le norme di una vita piú civile, sia la coltivazione di piante piú produttive. Erano perció centri di civilizzazione e anche di difesa contro le razzie dei coloni spagnoli e portoghesi. Le Reducciones si svilupparono in tale maniera da suscitare l'invidia e la sordida cupidigia dei coloni e poi delle autoritá politiche spagnole e portoghesi, tanto da essere una delle cause della soppressione della Compagnia di Gesú, avvenuta nel 1773, con l'accusa che i gesuiti avevano formato una specie di regno nel Paraguay, nemico dei regni della Spagna e del Portogallo, e dalle Reducciones avevano ricavato grandi ricchezze, sfruttando i fedeli sudditi dei Re cattolici. In realtá, i gesuiti erano "colpevoli" soltanto di aver portato la fede e la civiltá a tribú poverissime e sfruttate e di averle difese dalla crudeltá dei coloni europei, talvolta anche con l'uso delle armi.

Un'altra opera straordinaria fu realizzata in aiuto agli schiavi che dall'Africa venivano portati a Cartagena (Colombia): essi, che giungevano in America Latina in condizione spaventose, venivano accolti e curati da san Pietro Claver e da alcuni suoi compagni gesuiti. È anche vero che, come tutti, altre case di gesuiti avevano i loro schiavi. Nell'America del Nord, i gesuiti furono i primi missionari nel Canada, dove dovettero lavorare in condizioni di vita umanamente insopportabili e dove parecchi di loro furono uccisi a causa della fede: tra di essi splende la figura di san Jean de Brèbeuf, mistico e grande missionario († 1546).

Le missioni dei gesuiti in Africa furono meno fortunate; ma molti Paesi africani, come l'Angola, la Guinea, l'Egitto, il Congo, furono toccati dall'azione missionaria della Compagnia di Gesú.

Oggi i gesuiti sono l'ordine religioso piú numeroso nel mondo: sono infatti circa 20 mila i membri della Compagnia di Gesú presenti in 112 Paesi ed organizzati in 85 "province religiose". La Provincia d'Italia – nata dalla fusione di 5 province – é oggi la piú numerosa comprende anche il territorio albanese.